一般在美国院校中设置的生物信息学专业，除了Bioinformatics的传统命名，也有其他多种叫法，当然在课程设置以及研究方向上也会有相应的区别，但都是属于生物信息学专业领域下，因此在申请时均可根据自己的背景情况去选择。其他相关名称有：
Systems Biology(系统生物);
Computational Biology(计算生物学);
Computational Molecular Biology (计算分子生物学);
Biomedical Science (生物医学);
Genomics (基因组学);
Quantitative Biology(数量生物)等等。
限于篇幅问题，以下挑选几所名校的部分生物信息学领域的学科做简要介绍，希望能够帮助对该领域有兴趣的学生对美国生物信息学院校的情况有一个初步了解。
1、Harvard University 哈佛大学
Systems Biology PHD Program
老牌名校，Harvard在生物信息学方面的研究也一直走在前沿，且由于生物信息学领域的迅速发展应运而生，成立了独立的系，生物信息学科在Harvard是叫做Systems Biology。该系成立的时间虽然不长，但经费充足。该Program鼓励拥有计算机、生物、应用数学、应用物理或工程学背景的优秀学生来申请。这个Program的进入的第一年会给学生安排两名导师，分别独立的指导学生，主要是根据学生原本的背景去安排补充学习一些课程。在完成了一年的课程学习之后，就将进入论文阶段，这时会让学生选择其中一名导师作为今后论文指导的导师，当然也可以选择其他学院的教授(from any science department at Harvard, including the research departments of the 11 Harvard-affiliated teaching hospitals)作为自己的导师，并开始独立研究课题并完成论文。
2、Columbia University 哥伦比亚大学
1)Center for Computational Biology and Bioinformatics PhD Program
http://www.c2b2.columbia.edu/page.php?pageid=7
研究方向涉及到如蛋白质结构、功能预测、蛋白质定位等，具体设置如下：
Ÿ Prediction of protein structure, function and localization.
Ÿ Study of protein-protein and protein-DNA interactions.
Ÿ Gene expression analysis and prediction of regulatory network structure.
Ÿ Study of complex inherited traits.
Ÿ Image analysis and interpretation.
Ÿ Biomedical ontology development.
Ÿ Knowledge extraction from scientific literature and medical reports.
Ÿ Evidence integration.
2)Biomedical Informatics PhD Program / MA Program
属于该生物信息学中偏向医学领域的，其中的PHD program其实是属于(Biomedical Science)生物医学科学下的，主要的研究领域在生物医药、卫生保健等方面，两年的课程学习，后期则全部是独立进行课题研究到最终完成论文。
另外值得介绍的是，该生物信息学下的MA 学位的program，相当于是硕士学位。在哥大的BI系下是一个free standing的program，相对是比较独立的。就读该专业的学生后面的发展有比较多的选择，例如有些往PHD program发展，有些在医院工作，也有在哥大的医学院内做科研，或者留校做教授等等。学位的攻读上，大致分为两种，一种是应用型的，也就是applied MA，主要侧重临床，以后实习也会带薪，另一种是研究型的，research MA，侧重科研。这两个方向课程上是有重叠的，但是最后的毕业论文完全是两种类型的，侧重点各自不同。学制方面是research的要稍微长一些。如果并非志在搞纯学术研究的学生，哥大的这个MA program是个相当不错的选择。
3、New York University 纽约大学
1)Department of Biology：http://biology.as.nyu.edu/object/research.genomics.html
主要研究方向：
Genomics & Systems Biology 主要在这个方向下涉及到了生物信息学的相关研究领域
Developmental Genetics
Molecular Evolution
Molecular Genetics
Microbiology & Immunology
Neurobiology
Cancer & Cell Biology
Plant Biology
2)Mount Sinai School of Medicine http://www.mssm.edu/
Basic Sciences Departments
主要研究方向：
Developmental and Regenerative Biology
Gene and Cell Medicine
Genetics and Genomic Sciences
Health Evidence and Policy
Medical Education
Microbiology
Neuroscience
Oncological Sciences
Pharmacology and Systems Therapeutics
Structural and Chemical Biology
3)Computational Biology (COB) http://cob.as.nyu.edu/page/home
主要研究方向 Areas of Research
Macromolecular Modeling
Computational Genomics
Physiological Modeling
Cellular and Biological Imaging
NYU的生物信息学相关方向分别分布在了计算机学院，生物学院，以及医学院下，相对来说生物学院下所研究的内容与生命科学更相关一些，主要研究基因组学的相关内容，包括基因序列表达、变异等等，纯粹的理论研究偏多一些，且有专门的Center(研究中心);而COB则偏计算机方面，涉及系统建模等等;医学院则毋庸置疑与实际应用方面是紧密结合的。
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